私立の通信制高校の２割で、スクールカウンセラー（ＳＣ）による生徒の相談体制が整っていないことが、文部科学省による２０２５年度の実態調査でわかった。
入学者の６割に中学校で不登校の経験があり、こうした生徒を支援する体制の弱さが浮かび上がった。
生徒の悩み相談に応じるＳＣは２５年度、全国の公立高校約４０００校のうち、９６・２％に配置されている。文科省が示す通信制高校のガイドラインでもＳＣや、家庭問題にも対応できるスクールソーシャルワーカー（ＳＳＷ）などの配置に努めるよう求めている。
実態調査は２５年７～８月、通信制高校３２３校を対象に実施した。私立２２７校のうち１８１校（７９・７％）はＳＣの相談体制が整っていたが、４６校（２０・３％）は未整備だった。
株式会社が設置する１５校のうち３校が未整備だった。公立は８１校のうち未整備は１校だった。
私立はＳＳＷも１８３校で導入していなかった。
実態調査では、２５年度の入学者計７万７９９８人のうち中学３年時に不登校だった生徒が４万４４６１人に上ることも判明。全入学者の５７％を占めた。
生徒への面接指導については２４年度、課題は提出したが、教員による面接指導に１日も来なかった生徒は１６８校で計８０９７人いた。学校が回答した理由（複数回答）は、体調不良や抑うつなど「心身の不調」が９６％と最も多かった。
通信制高校は近年、不登校生徒らの受け皿として学校が増え続けているが、一部の学校での不適切な運営が問題となっていた。
自民、日本維新の会、公明の３党は昨年１０月、合意文書に「高校定時制・通信教育振興法」の改正を明記。議員立法として今国会での成立を目指している。
